문무대왕은 죽기 전에 "내가 죽으면 바다의 용이 되어 나라를 지키고자 하니 화장하여 동해에 장사 지낼 것"을 유언하였는데, 그 뜻을 받아들어 장사한 곳이 바로 대왕암이며 부왕의 은혜에 감사하여 사찰을 완성하고 이름은 감은사라 하였다고 전하고 있다.

현재의 모습은 1979년부터 2년에 걸쳐 전면 발국조사를 실시하여 얻어진 자료를 통해 창건 당시의 건물 기초대로 노출,정비한 것이며, 아울러 금당의 지하에는 바다 용이 된 문무대왕의 휴식을 위한 상징적인 공간을 마련한 특수구조와 동쪽으로 통로를 만들었다고 하는 흔적도 밝혀놓은 것이다.

우뚝솟은 두 삼층석탑은 만들어진 연대가 확실한 통일신라 초기의 석탑으로서 수십 개의 부분으로 나누어 만들어 조립식으로 세운 것으로 전체 높이 13m에 이르는 신라 삼층석탑 중 최대의 것이다.

감은사는 문무대왕이 나라를 지키겠다는 충의 뜻과 신문왕이 부왕의 은혜에 감사해서 지은 효, 즉 충효의 정신이 깃들인 유적이라 하겠다.